Михайло Слабошпицький зазначає, що Іван Мазепа був щедро обдарованою натурою. Державний діяч, тонкий дипломат, великий книголюб, знавець багатьох мов і культур, прекрасний музикант, талановитий поет – все це гармонійно поєднувалося в ньому. Не закохатися в такого чоловіка було просто неможливо.

     Мотря довго не могла змиритися з тим, що ніколи не буде з Мазепою: вона плакала, відмовлялася їсти, виходити в люди. Кочубеї були впевнені, що на ній чари: мовляв, Мазепа просив у дівчини локон волосся, а вона йому передавала свою сорочку – отже, приворожена.

     Аналізуючи зміст листів, можна дійти висновку, що поступово стосунки між закоханими змінювалися. «Моє сердечне кохання! Бачу, що Ваша милість у всьому змінилася своєю любов’ю колишньою до мене – як собі знаєш, воля твоя, чини, що хочеш, будеш потім жалкувати, пригадай тільки слова свої, які дала мені клятвою в той час, коли виходила від мене з покою мурованого, коли я дав тобі перстень діамантовий, над який найліпшого, найдорожчого у себе не маю, що «хоч сяк, хоч так буде, а любов між нами не відміниться». Певно, під тиском рідних Мотря почала віддалятися від коханого, і гетьман нагадав їй обіцянку вічно любити його. Саме таку обіцянку дала Івану Мазепі красуня Мотря під час свого першого (і останнього!) візиту до гетьманського палацу. Але ніщо не вічне у цьому світі ­– кохання поступово згасало.

     Мотря подобалася багатьом знатним козакам. Особливу увагу виявляв близький їхній сім’ї Іван Чуйкевич. Вони знали один одного з дитячих років. Чуйкевич був сотником, потім канцеляристом, виконавцем особливих доручень гетьмана. Він часто привозив Мотрі листи від Мазепи.

     Незважаючи на те, що Іван Чуйкевич знав про кохання Мотрі й Мазепи, він кожного разу при зустрічі просив її руки. Чим же так причарувала Мотря хлопця? Ось як описує Богдан Лепкий її красу: «Зріст, погляд великих очей, котрим фарби не підбереш, бо все вони міняються і грають, як море, лице, ніби грецька статуя засоромилась і спаленіла, а усмішка, Боже твоя сила, що за усмішка, дивна, та й не розгадана».

     Кочубеї були не проти їхнього одруження. І дівчина дала згоду стати дружиною славному козаку. На це одруження мусив погодитись і сам гетьман. Новий обранець Мотрі на момент одруження не мав впливової посади, але добре розбирався в літературі, володів кількома мовами. Він був високоосвіченою людиною свого часу. У 1707 році Кочубеївна вийшла заміж. У сім’ї народились двоє дітей – дівчинка та хлопчик. Чи щасливим було сімейне життя Чуйкевичів, не знаємо. Очевидно, що ні.

     А що ж Іван Мазепа? Як він пережив заміжжя своєї коханої? У передостанньому листі до Мотрі він прямо погрожував жорстоко помститися своїм ворогам. І все ж таки крізь біль і гнів проривалося справжнє почуття – гетьман щиро заздрив власним листам, яких торкалися руки коханої, і пристрасно мріяв про зустріч із нею: «Моє сердечне кохання, наймилішая, найлюб’язніша Мотрононько! Вперед смерті на себе сподівався, ніж такої в серці Вашому одміни. Згадай тільки на свої слова, згадай на свою присягу; згадай на свої рученьки, котрі мені ти давала, що (хоч будеш за мною, хоч не будеш) до смерті любити обіцяла. Прошу і вельми, моє серденько, в будь-який спосіб побачся зі мною; що маю з Вашою милістю далі чинити, бо вже більш не буду ворогам своїм терпіти, конечно помсту учиню, а яку, сама побачиш. Щасливіші мої листи, що в рученьках твоїх бувають, ніж мої бідні очі, бо тебе не оглядають».

     Зустріч не відбулася, але Іван Мазепа таки помстився своїм ворогам, тим, хто став на заваді його щастю. У 1708 році він писав О. Меншикову: «Кочубей споконвічний мій є ворог, який від початку мого гетьманства завжди був мені противний і різні піді мною рови копав, радячись невпинно з ворогами моїми». Звинувативши у зраді, гетьман скарав на смерть батька Мотрі, а її матір довгий час протримав під вартою. Його кохання вмирало теж, важко і повільно, наче людина. Останнє кохання, світле й трагічне.

Невідомо, чи знала Мотря, що батько, змовившись із полковником Іваном Іскрою, готує донос Петрові І – про змову Мазепи з польськими й шведськими королями, і що до того доносу прикріплені любовні листи, як свідчення аморальності гетьмана. Не знав і сам Василь Кочубей, що Петро, який уже не раз отримував доноси на Мазепу, вкотре їм не повірить.           Царські посіпаки тортурами вибили з Кочубея й Іскри зізнання в тому, що вони хотіли оббрехати гетьмана для власної вигоди. Невдовзі Петро І повернув закованих у кайдани змовників в Україну, де за велінням Івана Мазепи вони й були страчені. Справжнім зрадникам – Кочубею та Іскрі – росіяни згодом встановили в Києві пам’ятник. Але за часів УНР його демонтували.

     Коли в 1708 році почалась облога, а потім штурм гетьманської столиці Батурина російськими військами, Мотря з матір’ю знаходились у фортеці, а Чуйкевич був біля Мазепи. Батуринці оборонялися хоробро й відбили всі атаки росіян. Тільки через зраду прилуцького полковника Носа ворогу вдалося захопити фортецю.

     Мотря як справжня патріотка України хотіла допомогти своїм – підірвати порохову вежу. Але на заваді став колаборант, що весь час слідкував за нею. Саме через нього жінка потрапила до російського офіцера, який упізнав її і відіслав до князя Меншикова. Князь наказав Мотрю і її матір відправити в найближчий монастир.

     Навесні 1709 року там їх знайшов Іван Чуйкевич. Любов Федорівна залишилась в одному зі своїх маєтків, а Мотря весь час перебувала з чоловіком біля Мазепи.

Після Полтавської битви Чуйкевич і Мотря потрапили в полон до росіян. Цар наказав обох посадити на палю, але за них заступився Борис Шереметєв, нагадавши: «Мотря – дочка Кочубея, який за вірність Вашій Величності голову поклав на колоду». Цар змилувався. Так Чуйкевичі залишились живими.

     Потім Івана відправили в Сибір, невдовзі й дружина поїхала за ним. Через півтора року чоловік помер, а Мотря повернулась на Полтавщину. За однією з версій, вона доживала віку в Пушкарівському монастирі під Полтавою, часто навідуючись на могилу батька та згадуючи щасливі часи, проведені разом з любим гетьманом. Мотрею і монастирем опікувались полтавські полкові старшини, але наглядали і московські окупанти.

     Мотря вчила людей святому письму, лікувала хворих, допомагала бідним і сиротам, щиро молилася за замучених і безвинно вбитих. Перед своєю смертю вона зізналася черниці Оксані Хмарі: «Я, проклята, в усьому винна: я погубила й батька, й Мазепу, і всю Україну. Не будь мене, гетьман би не пішов супроти волі матері, а мій тато не пішов би до царя». По смерті Мотрі (точна дата невідома) скриньку з листами й коштовностями ігуменя передала в село Жуки, де жили родичі Кочубеївни. Поховали її на цвинтарі біля монастиря.

     Є й інша версія – Мотря поїхала до Києва, знайшла матір Івана Мазепи – Марію Магдалину, яка була ігуменею Києво-Печерського Вознесенського монастиря, і залишилася там жити.

Іван Мазепа в ці роки був у вигнанні в Бендерах. Він не забував свою кохану, уже тяжко хворий запитував свою родичку Галину Обідовську, чи не знає вона що-небудь про Мотрю. Гетьман, життя якого вже добігало кінця, сумував за коханою й увесь час шукав приводу зустрітися з нею. Через 2 місяці після Полтавської битви він помер.

     У квітні 2009 року в Полтаві біля стін Вознесенської церкви була створена умовна, символічна могила Мотрі Кочубеївни. У Диканьці, за кілька кроків від Миколаївської церкви, ростуть знамениті кочубеївські дуби, під якими, за легендою, і зустрічалися Мотря та Іван Мазепа. До наших днів дожили лише чотири дуби, які входять до переліку об’єктів Регіонального ландшафтного парку «Диканський» та перебувають під охороною.