Народився Іван Матвійович Стешенко в Полтаві 24 червня 1873 р. у простій міщанській родині, яка мала дев'ятеро дітей. Батько був відставним унтер-офіцером, колишнім кріпаком князів Кочубеїв, а мати походила з роду дрібних полтавських міщан.  Початкову освіту хлопчику намагалися дати вдома, але малий Іван ніяк не хотів опановувати читання та письмо. Тому навчатися батько віддав його до церковно-приходської школи. Після її закінчення І. Стешенко продовжив навчання в початковій школі Ступачевської, де готувався до вступу в гімназію. У 1882 р. він був зарахований до Першої класичної гімназії. Незважаючи на досить грунтовну підготовку, батько найняв для сина репетитора — Л. Коновалову. Навчання, яке планувалося як додаткова підготовка, тривало аж чотири роки, а цю дружбу Іван Матвійович із вдячністю згадував усе життя. 

Після шостого класу гімназії І. Стешенко провів літо, подорожуючи полтавськими селами, де цікавився розповідями старих людей про героїчне минуле та пісні українських кобзарів. Пізніше він казав, що вийшов у цю мандрівку «общероссом», а повернувся свідомим українцем.

Поетичні здібності І. Стешенка проявилися досить рано, ще під час навчання в гімназії товариші називали його "поетом" та часто замовляли романтичні віршики для дівчат.   Крім того, під час навчання І. Стешенко працював над перекладами. Одними з перших стали 12 пісень "Метаморфоз" Овідія.

У 1892 р. Іван вступив до Київського університету Св. Володимира на історико-філологічний факультет на відділення слов'янських мов, де навчався у професора Т. Д. Флоринського. Одразу ж приєднався до літературно-мистецького гуртка «Плеяда». У ті роки до нього входили Л. Старицька, Леся Українка, В. Самійленко, О. Тулуб, Є. Тимченко, М. Славинський та багато інших. Також Іван Матвійович виявив величезний інтерес до слов’янознавства, українознавства, грунтовно вивчав іноземні мови (вільно володів французькою, німецькою, іспанською, італійською, багатьма слов'янськими мовами), перекладав українською поезії французьких, німецьких, болгарських авторів. Щире захоплення літературою та історією свого народу надихнуло його на написання драми «Мазепа», що вийшла друком у Львові 1896 р.

В університетські роки в Івана Матвійовича сформувалися певні світоглядні переконання, отож він прилучився до української студентської громади, спрямуванням якої було поширення та розвиток серед прогресивного студентства й молоді української мови, культури тощо. 

Зокрема, І. Стешенко став співзасновником «Групи українських соціал-демократів», до якої входили М. Ковалевський, М. Коцюбинський, О. Стешенко, П. Тучапський, М. Кривинюк, Леся Українка та інші. У програмах самоосвіти гуртка пропонувалося вивчення творів Ж.-Ж. Руссо,       М. Драгоманова, О. Герцена, О. Конта, Г. Спенсера та інших. Із письменників вважалося обов'язковим знання творів Дж. Свіфта, Е. Золя, Т. Шевченка,       Дж. Байрона, В. Гюго тощо. Незалежно від загального світогляду і соціально-політичних переконань та симпатій, до спільноти вступали особи, які вважали себе за українців і ставили понад усе любов до батьківщини, свого народу.

У студентські роки І. Стешенко розпочав і літературознавчі дослідження. Відома його робота тих часів  – праця про М. Гоголя, яку Іван Матвійович написав на конкурс та отримав за неї срібну медаль.

У 1896 р. І. Стешенко закінчив університет і почав працювати викладачем у жіночій Фундуклеївській гімназії у Києві. 

Знаковою подією у житті І. Стешенка стала загибель студентки-народниці з Чернігова, яка була ув'язнена в Петропавлівській фортеці та, не витримавши знущань жандармів, учинила самоспалення. Ця трагічна подія набула широкого розголосу, а прогресивне студентство Києва вирішило зібратися на мітинг та відправити панахиду за загиблою. Під час акції, яку розігнала поліція, ув'язнивши більше півтисячі осіб, І. Стешенка не було. Але за цим відбулася низка обшуків та арештів «неблагонадійних», у списку яких був Іван Матвійович. Його застали за написанням гнівної статті про ці події до одного з галицьких видань та заарештували. Наступні півроку І. Стешенко провів у Лук'янівській в'язниці, а після звільнення його вислали з Києва без права вчителювати і проживати в університетських містах.

Протягом 1897–1900 рр. він перебував на Чернігівщині разом з дружиною Оксаною Михайлівною (донькою видатного українського письменника М. П. Старицького), з якою побрався відразу після виходу із в’язниці. 

У той період вийшли друком збірки поезій І. М. Стешенка «Хуторні сонети» і «Степові мотиви». Займався він і вивченням «Енеїди»  І. Котляревського, результатом чого в 1898 р. стала його перша велика наукова праця «Поезія І. П. Котляревського». Ця робота була висунута на здобуття Пушкінської премії Російської академії наук. Премію одержали І. Стешенко та А. Кримський, який написав рецензію на монографію.

 На початку липня 1898 р. у подружжя народилася донька Ірина. Відомо, що саме завдяки їй зберігся унікальний архів її діда М. Старицького, архіви та речі родин Черняхівських та Стешенків, а також особисті речі Лесі Українки. Усе це сьогодні зберігається в Музеї видатних діячів культури України в Києві. У березні 1904 р. у родині Стешенків народився син Ярослав.

У 1900 р. родина повернулася до Києва. Оскільки педагогічна робота була для нього під забороною, Іван Матвійович заради заробітків був змушений працювати діловодом в управлінні Південно-Західної залізниці та в міській думі.

У червні 1903 р. І. Стешенко став секретарем правління київського «Литературно-артистического общества» та обіймав цю посаду до 1905 р. Серед членів організації були М. Лисенко, О. Косач, Н. Тутковський, Н. Пухалов та інші. Під час його зборів І. Стешенко виголошував доповіді з актуальних тем української літератури. Брав участь і в діяльності Історичного товариства імені Нестора Літописця – виступив у 1903 р. із промовою на святі відкриття пам'ятника І. Котляревському тощо.

У 1904 р. І. Стешенко працював у редакції українського літературного альманаху «Нова Рада» разом із Оленою Пчілкою, М. Славинським та  Л. Старицькою-Черняхівською. 

Коли під час революції 1905 р. з’явилась можливість видавати українську періодику в Україні, І. М. Стешенко разом з Лесею Українкою, Л. М. Старицькою, М. А. Славінським та іншими започаткував гумористичний часопис «Шершень», а після його заборони – журнал «Гедзь».

Восени 1906 р., після багаторічної перерви, І. Стешенко отримав дозвіл на поновлення педагогічної діяльності, але лише у провінційних містечках. Місцем його роботи стала гімназія міста Слуцьк на Волині. Відтоді й до кінця життя І. Стешенко не полишав викладання.

Наприкінці 1906 р. у Києві за ініціативою М. Грушевського було створене громадське наукове товариство академічного типу «Українське наукове товариство», метою якого була організація та розвиток української науки та популяризація її досягнень. Головою товариства обрали М. Грушевського, а секретарем — І. Стешенка.

У 1907 р. Іван Матвійович перевівся на роботу до Першої комерційної школи, що знаходилася в Києві, де й працював упродовж десяти років. Того ж 1907 р. в журналі «Україна» вийшла друком його грунтовна праця «Історія української драми». А незабаром І. М. Стешенка запросили на роботу до Фребелівського інституту на Вищі жіночі курси А. В. Жекуліної, в музично‑драматичну школу М. В. Лисенка, де Іван Матвійович першим став викладати історію драми українською мовою.

Разом із дружиною в 1908 р. І. Стешенко відновив вертеп. Вистави відбувалися у скриньці, що мала вигляд двоповерхового будиночка. Подружжя виступало зі своїм театром на ярмарках, міських площах, по хатах. Вистави мали великий успіх не тільки в Києві, а й у Чернігові та інших містах.

Із початком Першої світової війни до Києва почала стікатися хвиля українських біженців, переважно з Галичини. Попри заборону української школи навесні 1915 р. відкрили так звану Тетянівську гімназію з українською мовою навчання. Спочатку І. Стешенко працював там викладачем, згодом став директором, а з червня 1917 р. отримав посаду інспектора Київського шкільного округу. Саме тоді було складено низку програм, методик та підручників. Ця величезна робота стала тим фундаментом, на якому пізніше, після 1917 р., розбудовувалася українська освіта.

Після створення в 1917 р. Центральної Ради було організовано дев'ять комісій, до шкільної від просвітницьких організацій Києва був обраний і призначений її головою І. Стешенко. Також Іван Матвійович разом із однодумцями започаткував та очолив «Товариство шкільної освіти». За його ініціативою у квітні 1917 р. у Києві було скликано та проведено всеукраїнський педагогічний з'їзд, на який прибуло близько 500 осіб. Збори І. Стешенко відкрив такими словами: «Вчителі України! На нашу долю випало велике щастя бути першими діячами на ниві рідної освіти, робити те, про що мріяло багато з нас, про що мріяло і за що страждало не одно перед нами покоління. Нині ми маємо це щастя і віддамо ж всі свої сили, щоб справу рідної освіти повести якомога краще. Бо в тій рідній освіті підвалини національного життя нашої України, рідного нашого краю...».

           Наприкінці червня 1917 р. І. Стешенка призначили Генеральним секретарем освіти, інакше кажучи він став першим українським міністром освіти.

С. Русова, писала про той період: «На початку серпня 1917 р. міністр Стешенко офіціально запросив мене завідувати в його міністерстві відділом дошкільної освіти та дошкільного виховання... З Стешенком приємно було працювати, він був молодий, жвавий націоналіст, не звертав великої уваги на формальний бік праці і переводив з усією рішучістю гасло «українізація народної освіти, всіх шкіл, всіх освітніх організацій»; він не визнавав жодних традицій щодо зв'язку з російською школою, боровся з росіянами і навіть з так званими «малоросами», які не могли уявити собі, щоб наша освіта так одразу стала на свої власні ноги, без російської опіки. Ніхто з слідуючих міністрів освіти не ставив так категорично й рішуче справу українського шкільництва, як Стешенко, і через нерішучість наших міністрів наша школа дуже багато програла... Одним із світлих намірів Стешенка була організація селянських гімназій, але бракувало учителів, що могли всі предмети гімназіального курсу викладати по-українськи. В Києві українізація шкіл і особливо гімназій викликала страшенне обурення росіян, кожну гімназію доводилось улаштовувати з боротьбою... Отак, в надзвичайно інтенсивній роботі, закінчувався 1917 рік. Проти Стешенка, за його рішучу боротьбу з росіянами, поставали навіть в Уряді...». 

Вчителям І. М. Стешенко відводив велику роль у розбудові української національної школи. Він був упевнений, що педагога нової школи потрібно готувати. Виходячи з цього, важливим надбанням системи національної освіти стало відкриття восени 1917 р. Українського народного університету та Української науково‑педагогічної академії. 25 жовтня в Педагогічному музеї відбулося урочисте відкриття Української науково‑педагогічної академії, яка мала готувати кадри вчителів українознавства для середніх шкіл.  Крім цього було створено 25 українських гімназій.

Занепокоєний швидким розвитком української освіти, Тимчасовий уряд Росії надіслав листа до Центральної Ради з вимогою дати пояснення щодо українських шкіл. На початку листопада 1917 р. І. Стешенко під час засідання Генерального секретаріату зробив заяву про необхідність вирішувати самостійно питання української освіти та не підпорядковуватися Тимчасовому уряду. Пропозицію було підтримано.

Що ж до мовних баталій в освіті, то під час VIII Сесії Центральної Ради І. Стешенко заявив: «Казенні гімназії в Україні досі вважаються московськими тільки через те, що там учили московською мовою. Учителів-москалів ми не виганяємо, але нехай же вони навчаться української мови, коли бажають працювати в Україні. Вищі школи України створені коштами українського народу і через те також повинні бути українськими. В крайньому разі по вищих школах можна читати лекції кількома мовами, як це робиться в Швейцарії».

Це була відповідь тим супротивникам діяча в уряді, які пропонували університети в Україні залишити російськомовними. І саме І. Стешенко подав до Генерального секретаріату законопроект, який передбачав скасування закону Російської імперії про видачу грошової надбавки вчителям та чиновникам російського походження «за обрусение края». Цей законопроект був таки прийнятий, що ще більше озлило ворогів міністра.

На початку січня 1918 р. було також затверджено законодавчу пропозицію І. Стешенка про встановлення окремої штатної посади вчителя української мови та літератури в початкових, середніх та вищих школах усіх відомств.

Із приходом до влади гетьмана П. Скоропадського , влітку 1918 р. Стешенка запросили на роботу до міністерства. Але співпраці з новим керівництвом не вийшло, тому Іван Матвійович подав у відставку. Незабаром він отримав пропозицію обійняти посаду завідувача кафедри українського письменства в новоствореному Кам'янець-Подільському університеті.

У липні 1918 р. Іван Матвійович взяв відпустку з наміром підготуватися до лекцій і вирушив на Полтавщину у с. Великі Будища, де мав власний будинок. Уночі 30 липня 1918р. під час пересадки на вокзалі І. Стешенка перестріли двоє незнайомців, що чекали на нього, та розстріляли. Тяжко пораненого І. Стешенка перевезли до лікарні, але до ранку він не дожив. Це було одне з перших політичних убивств в Україні. Про це свідчать не тільки низка документів, а й абсолютна незацікавленість влади у розслідуванні злочину.

Поховали Івана Матвійовича Стешенко –педагога, громадсько-політичного діяча, письменника, перекладача 4 серпня 1918 р. на Байковому кладовищі в Києві. 

Лише у 2008 р. на приміщенні старої школи в селі Великі Будищі було встановлено меморіальну дошку на честь відданого українця, яка стала першою в Україні відзнакою на його честь.